在撤退命令下达前，已有不少溃兵拥至挹江门，而驻守该地的36师因没接到撤退命令，仍执行原先戒严的命令，甚至出现面对溃兵如潮开枪制止的情况。

更是加剧了撤退的混乱程度。

撤退命令一下，失去指挥的部队纷纷沿尚还安全的中山路向下关撤退，挹江门左右两个城门洞已被堵死，只有中间一门可以通行，大队人马蜂拥争过，不少人被践踏而亡，其中甚至有在光华门指挥部队勇拒日军的教导总队第1旅第2团团长谢承瑞！

下关码头的局面更是混乱不堪，各部队争相抢夺船只，不少船只因超载而下沉，更有一些人见无船可渡，便利用门板等漂浮器材自制简易泅渡工具渡江，结果多葬身江心。

卫戍司令长官唐生智率司令部人员于12日晚从下关乘坐小火轮渡过长江，36师利用驻守挹江门控制小火轮的便利，在司令部过江后也乘坐小火轮渡江，因此损失不大。

87师、88师和教导总队则没有36师那么幸运，大部没能渡过长江（留在城里的多成为南京大屠杀的冤魂），只有少数官兵历经辗转渡江归队。

装备德制轻型坦克的战车第3连除3辆在战斗中损毁，其余全部在撤退中丢弃损失。

最后终结

教导总队从南京撤退之后，在武汉收容零散官兵，补充新兵，以储存在后方仓库的武器进行重新武装。

1938年1月，军政部将在淞沪会战中损失惨重的湘军系统的第46师进行重新整编，将该师部分官兵并入第11师与第61师，以师部及所剩下的官兵与教导总队的残部合编成新的第46师。

至此，中央军校教导总队番号不复存在。

合编之后的新第46师师长为原教导总队总队长桂永清，副师长李良荣（原航校特务团团长）和周振强（原教导总队副总队长）。

第46师下辖第136旅、137旅和138旅，其中教导总队残部编成第138旅，由马威龙（原教导总队第3旅旅长）任旅长。

2月桂永清升任第27军军长，师长遗缺由李良荣接任。

1938年5月下旬第46师在27军建制内参加豫东作战，日军第14师团集中全力猛攻27军在杨固集、双塔集一带的防线，27军此时既无士气也无战力，阵地很快被日军突破，桂永清竟不思反击反而率部退向开封，只是命令配属作战的88师接替106师防守兰封，88师师长龙慕韩竟步桂永清后尘于5月23日擅自放弃兰封，使日军不费吹灰之力进占战略重地兰封。

德式模范师竟如此表现，实在令人痛心疾首！

蒋介石闻讯后严令48小时内必须收复兰封。

国军71军、74军、64军和27军全力反击，血战两天后于27日收复兰封，激战中46师再无昔日的赫赫虎威，三个旅长一死两伤（教导总队改编而成的138旅旅长马威龙阵亡），团长伤亡各二名，营长阵亡九名，全师伤亡达5000余人，却毫无战绩可言，收复兰封及周围要地的功劳均归于71军和74军。

因此战后88师长龙慕韩被处决，成为抗战中第一个被处决的嫡系将领，桂永清和李良荣均被免职，第27军番号撤销，第46师仅剩3000多人，曾经显赫一时威风八面的教导总队基本已难觅其踪。

46师的残部随着胡宗南的第17军团西撤，随后顺理成章地被胡宗南整编。

1938年11月胡宗南系统的黄祖勋出任师长，下辖第136旅和第138旅。

1944年1月该师划归第57军，1945年2月华南地区国军整编，第57军被裁撤，第46师也随之遭到裁撤的命运，所部官兵补入第54军第8师。