17岁，十三世达赖喇嘛开始聆听普觉经师讲授《现观庄严论》、《中论》、《释量论》和《律经根本律》等典籍，为了学习五世达赖喇嘛的著作，他下令重新刻印了五世达赖喇嘛的《现观庄严论善慧思饰》、《中论大乘船》、《俱舍伦释运宝库》等著作，并补充刻印了尚未出版的一世达赖喇嘛有关法相方面的著作。

1893年，十三世达赖喇嘛18岁，开始跟随普觉活佛学习《菩提道次第广论》。

这一年的8月15日，普觉经师为他授密乘灌顶，从此以后，十三世达赖喇嘛开始学习密宗知识。

1893年10月，上密院卸任堪布林仓活佛罗桑龙多、旦增赤列&iddot;白桑布等开始担任他的经师，主要讲授《菩提道次第教捷经》及因明学辩论法等课程。

1894年后，十三世达赖喇嘛的密宗课程越来越多，这也是藏传佛教培养高僧大德的途径，先学习显宗著作，等具备一定基础后，再转入密宗的学习，因为象达赖喇嘛这样的特殊人物，必须是显密双通。

这一年的春天，他聆听了普觉经师传授密乘灌顶，并接受了其他两位经师所授的长寿灌顶和相关知识。

1896年，当十三世达赖喇嘛21岁的时候，他又跟随经师林仓活佛学习了金刚橛灌顶的传承。

1898年，是十三世达赖喇嘛的学业走向金秋收获的季节。

这一年他将参加拉萨三大寺举行的游学誓愿辩经大法会，届时，他将经受各寺高僧和著名学者的考试。

4月11日，达赖喇嘛为参加游学誓愿辩经大法会仪式，从布达拉宫移往哲蚌寺著名的甘丹颇章大殿。

6天以后，他在大殿门庭下的宝座上接受僧俗官员的祝贺，随后，第一场辩经开始。

首先是著名的智者哲蚌寺洛色林扎仓卸任轨范师钦热丹增伦珠与达赖喇嘛辩论佛法。

接着是在场的轨范师、经师、活佛以及学识渊博的格西们先后轮番引用《五部大论》的正文和释文提出一些极其尖税、疑难的问题，达赖喇嘛胸有成竹，依据各教派的典籍和教义，一一回答。

之后，三大寺的学者们开始上场，如同打擂似的轮番与达赖喇嘛进行辩论。

然而这位年仅23岁的达赖喇嘛极为沉着冷静，引用的经典原文和讲述的道理都十分精确，学者们口服心服，多次称颂他是陈那和法称的再现，再没有提别的问题。

第一场辩经就这样在诸位大师的祝福和赞美声中结束。

1898年4月30日，十三世达赖喇嘛提前住进色拉寺准备参加第二场游学辩经。

5月3日，辩经仪式开始，达赖喇嘛在色拉寺色拉基大殿前的广场首端升座，首先接受噶厦地方政府和经师的敬礼，然后辩经开始。

色拉寺杰扎仓的轨范师庆热塔堆等堪布、活佛、格西根据《五部大论》要义，逐一向达赖喇嘛提出问题，达赖喇嘛舌战群雄，对答如流。

随后开始由达赖喇嘛向各位学者提问，结果问题疑难深奥，许多学者难以对答。

辩经结束后，达赖喇嘛返回布达拉宫。

很快达赖喇嘛在哲蚌寺、色拉寺舌战群雄、大获全胜的消息不径而走，人们终于看到了十三世达赖喇嘛的才华。

十三世达赖喇嘛辩经的最后一站是拉萨东边的甘丹寺。