早在1788年，居住在西藏日喀则聂拉木边境南端的廓尔喀人就开始侵扰西藏边境。

1788年以后，一个自称为是廓尔喀国的国王拉特纳巴都尔，派兵2000余人突然侵入西藏，他的理由是聂拉木边境的西藏税务官增加了对廓尔喀商人的税收数目。

很快这支来自喜玛拉雅南麓的异族人攻占了济咙、聂拉木等三个宗，并围困胁噶宗。

八世达赖喇嘛强白嘉措和驻藏大臣庆麟向乾隆皇帝上奏告急，很快一支由3000人组成的满汉部队踏着高原的冰雪到达了拉萨。

然而这支远道而来的清军队伍的首领理藩院侍郎巴忠却没有再命令他的军队西进，而是只派噶伦丹津班珠尔前往聂拉木议和，秘密答应每年由西藏赔偿廓尔喀人元宝三百锭，合银俩9600两，并私下给了对方一张字据，廓尔喀人才心满意足地离开了他们占领的土地。

尽管八世达赖喇嘛和噶厦政府都不同意这样做，但巴忠和他的另外两名军官却为了将就了事，贪功邀赏，向乾隆报告说已将失地收复，准备凯旋。

一年以后，廓尔喀人拿着那张字据讨取赔偿来了。

达赖喇嘛和噶厦地方政府无意支付。

1791年7月，廓尔喀人重新占领了聂拉木和济咙宗，抓走了噶伦丹津班珠尔，并一直打到日喀则和札什伦布寺。

要不是驻藏大臣保泰在慌忙之中提前把七世班禅移到拉萨，这场灾难的后果就不堪设想了。

当时八世达赖喇嘛的弟弟正好在北京，经军机大臣询问，才将巴忠等人调停贿和的情况告诉了乾隆皇帝。

此时巴忠随皇帝正在避暑山庄承德。

听到这个消息后，畏罪跳湖自杀。

巴忠虽然死了，但促使这次廓尔喀入侵西藏的真正的帮凶却是噶举派噶玛巴第十世红帽法王沙玛尔巴。

据藏文史料记载，六世班禅有弟兄三人，一个是当时札什伦布寺的札萨喇嘛仲巴呼图克图（活佛），掌管札什伦布寺的政教大权。

而另一个就是沙玛尔巴，法名确珠嘉措。

1777年，六世班禅由西藏到达青海，第二年又由内蒙到达热河承德避暑山庄，为乾隆帝70大寿祝寿，沿途获得蒙藏僧俗群众供奉的金银财宝和牛羊马匹不可胜数。

当六世班掸在北京圆寂后，这些财产都由仲巴活佛运回西藏，除将一部分牛羊马匹交给札什伦布寺外，其他珍宝全部占为己有。

沙玛尔巴因属不同教派，没有得到分文。

为此十分愤怒，遂萌发了投靠廓尔喀人的念头。

1784年，沙玛尔巴到达加德满都后，将西藏防务空虚，札什伦布寺财富甚多等情况告诉了廓尔喀王，竭力怂恿他出兵西藏，抢夺札什伦布寺财宝。

1791年，廓尔喀人直扑札什伦布寺时，事先仲巴活佛已得到消息，携带贵重之物弃寺逃之夭夭。

这时七世班禅也已移驻拉萨，全寺无首人心慌慌，只好降神占卜，卜曰：十日不可与贼拒战。

于是寺僧四散。